Com a tradição de revelar grandes craques há décadas, o Santos viu a sua base perder força nesta temporada. Um exemplo claro do enfraquecimento dos times de formação do clube foi dado nas quartas de final do Campeonato Paulista Sub-20, no qual a equipe alvinegra foi goleada por 5 a 0 pelo Red Bull Brasil, em casa, e depois acabou eliminada com uma derrota por 2 a 1, no último final de semana, no confronto de volta do mata-mata.
Apesar da má fase entre os mais jovens, o clube vê em seu elenco principal o jovem Tailson ganhando destaque, mas ele é uma exceção no momento. Já de olho na próxima temporada, o clube vem promovendo uma grande reformulação nas suas categorias inferiores. Inicialmente, Jorge Andrade, ex-Figueirense, foi contratado como novo coordenador da base santista, da qual foram demitidos posteriormente o gerente Marco Maturana, além de Carlos Muniz, que ocupava o posto agora preenchido por Andrade, e Reginaldo Lima, ex-coordenador do Departamento de Avaliação Captação e Transição de Atletas (DACTA).
Paulo Autuori, superintendente de futebol do Santos, tem como um das suas principais missões no cargo, que ele assumiu em julho, o de melhorar a integração das categorias de base com o time profissional. E, em meio a este processo, uma novidade será a de que o clube voltará a ter um time B.
No final de setembro, Autuori informou que esta equipe contará com atletas de no máximo 21 anos e que a ideia é a de que a mesma seja o último elo de transição entre as categorias de base e o elenco profissional. Assim, o Santos também pretende dar maior sequência de partidas a jogadores jovens que não são aproveitados pelo técnico Jorge Sampaoli.
Neste ano, além do fracasso no Paulistão Sub-20, o time santista, formado então por atletas sub-20, foi eliminado na segunda fase do Campeonato Brasileiro de aspirantes, no qual vinha utilizando jogadores que vinham recebendo poucas chances do treinador argentino na equipe profissional.
Esse processo de reformulação está ocorrendo sob a responsabilidade de William Thomas, homem de confiança de Autuori. O superintendente, que neste mês chegou a criticar a falta de um planejamento eficiente da atual gestão antes de sua chegada ao cargo, agora luta para fortalecer novamente a base do Santos, cujo time B havia sido encerrado em outubro do ano passado, em uma decisão tomada pelo presidente José Carlos Peres.
