Joanderson passou 10 anos na base tricolor, chamando atenção pela quantidade de gols marcados. Em 2013, junto com o santista Gabriel, foi reserva da seleção sub-17 no Mundial. Já cotado para os profissionais, passou boa parte da temporada 2014 afastado enquanto não renovava seu contrato. Por causa disso, ficou fora da Copa São Paulo de Juniores de 2015.
No ano passado, voltou a ser utilizado nos juniores, sendo um dos destaques da campanha que culminou com os títulos do Campeonato Brasileiro e da Copa RS (antigo Brasileiro). Na Copinha, se machucou e perdeu espaço para Pedro, ficando fora da conquista da Copa Libertadores Sub-20, em fevereiro.
Os outros atacantes do time (Pedro, Murilo e Luiz Araújo) ganharam mais cedo que ele a oportunidade de fazer a transição para os profissionais e o empréstimo para o Cruzeiro acabou pintando como solução.
Em troca, o São Paulo vai receber, pelo mesmo período, o volante Tom, destaque do sub-20 do Cruzeiro. O jogador tem apenas 18 anos e recentemente foi convocado para a seleção brasileira da categoria. Com o Cruzeiro, chegou à semifinal da Copa São Paulo deste ano.